エントランスホール
 
 航空写真による空から見た日吉を紹介しています。また、ホール中央には、日吉ダムの建設によって水没した中・天若地区の集落模型があり、この地域で発掘した出土品を展示しています。
   
  第1展示室
 
 水没した中・天若地区の半世紀ほど前の様子を、川漁の模型や実際に使用された漁具を用いて紹介します。さらに、この地域はかつて活鮎や木材を京都へ運んでいた歴史があり、鮎を運んだ「アユモチオケ」や木材を筏に組む時に使われていた「ネソ」なども展示しています。
   
  第2展示室
 
 日吉の歴史を江戸時代に郷士として活躍した湯浅五郎兵衛家の資料を紹介しながらたどっていきます。また、現在も行われている民俗芸能の祭礼用具を展示しています。
   
  企画展示室
 
 企画展示室は、春・秋の展示会、映像試写会、講演会など資料館のさまざまな催しを行う多目的ホールです。
   
  屋外展示
 
 当館には、日吉ダムの建設によって水没した地区より、移築した民家2棟があり昔の生活用具を展示しています。 また体験講座などにも活用しています。

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